Со дня преобразования Сухумского государственного педагогического института в Абхазский государственный университет исполнилось 46 лет.

Постановление об открытии Абхазского государственного университета на базе Сухумского государственного педагогического института им. А. М. Горького (Постановление Совета Министров СССР № 129), подписанное председателем Совета Министров СССР Алексеем Николаевичем Косыгиным, было принято 5 февраля 1979 г. 

Первым ректором АГУ стал доктор исторических наук, профессор З. В. Анчабадзе. 

В соответствии с Указом Второго Президента Республики Абхазия Сергея Багапш от 30 августа 2006 года (№ УП 107) «О придании автономного статуса Абхазскому государственному университету», Абхазский государственный университет наделен статусом самоуправляемой (автономной) организации высшего профессионального образования, осуществляющей свою деятельность на основе законодательства Республики Абхазия и Устава вуза. Функции учредителя выполняет Президент Республики Абхазия. 

Абхазский государственный университет сотрудничает со многими ведущими университетами мира и России, в том числе Московским государственным университетом им. М. В. Ломоносова, МГИМО, ВШЭ и др. Является участником Евразийской ассоциации университетов, Ассоциации классических университетов России, Оксфордского академического союза и других международных организаций и объединений.

На сегодняшний день в Абхазском государственном университете:

- 10 факультетов и 44 кафедры, где реализуется уровневая система подготовки кадров по различным направлениям бакалавриата, специалитета, магистратуры и аспирантуры;

- 2593 студента;

- профессорско-преподавательский состав – 464 чел.;

- несколько диссертационных советов; приоритетными направлениями научных исследований являются математика, биология, экология, цикл дисциплин абхазоведения, археология, педагогика;

- Научная библиотека им. Д.И. Гулия;

- Республиканский центр повышения квалификации и переподготовки специалистов;

- Учебно-научный центр нартоведения и полевой фольклористики;

- Психолого-педагогический центр;

- Информационно-вычислительный центр;

- Центр лингвистики и информационных технологий;

- Центр абхазо-адыгской филологии им. В. П. Анкваб;

- Международный отдел;

- Отдел науки и аспирантуры;

- Отдел информации и медиакоммуникаций.

25 января 2024 г. был открыт Центр науки и образования Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова в Абхазском государственном университете.

Ректором Абхазского государственного университета на протяжении многих лет является Алеко Алексеевич Гварамия – блестящий организатор науки и образования в Республике Абхазия, ученый с мировым именем, первый среди абхазов доктор физико-математических наук, академик Академии наук Абхазии, Адыгской международной академии наук, Европейской и Российской академий естественных наук, Почетный профессор Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова и Оксфордского академического Союза, Почетный доктор Адыгейского, Арцахского, Башкирского, Приднестровского университетов, заслуженный деятель науки Республики Абхазия и Республики Южная Осетия, член Клуба ректоров Европы, член Совета Оксфордского Академического Союза.