5 февраля 1979 г. Совет Министров СССР принял решение, подписанное Алексеем Николаевичем Косыгиным, об открытии Абхазского государственного университета на базе Сухумского государственного педагогического института им. А. М. Горького (Постановление Совета Министров СССР № 129 от 05.02.1979 г.). 

Первым ректором университета стал Зураб Вианорович Анчабадзе.

Университету со дня преобразования исполняется 45 лет, со дня основания вуза – 92. За эти годы он прошел тяжелый и богатый путь своего развития. 

Сухумский государственный педагогический  институт им. А. М. Горького был открыт Постановлением Наркомпроса Абхазии в 1932 г. На трех факультетах – агро-биологическом, физико-математическом и  общественно-литературном обучалось всего 85 студентов. Имелось всего три кафедры. Работало 17 сотрудников (все без ученых степеней). Первым директором института был – Андрей Максимович Чочуа.

Судьбу национального вуза невозможно рассматривать в отрыве от судьбы народа Республики Абхазия. Преобразование института в университет – это особая страница в истории национально-освободительной борьбы абхазского народа. Известное письмо интеллигенции, получившее в народе название «Письмо 130-ти», стало выражением борьбы многих поколений за права абхазского народа. 

Раскол университета по национальному признаку (1989) развал Советского Союза (1991), Отечественная война народа Абхазии (1992-1993), послевоенная блокада и сопровождавшая ее ограниченность материальных и интеллектуальных ресурсов стали для коллектива тяжелым испытанием. 

В это сложное время огромную поддержку АГУ оказал Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова и лично ректор В. А. Садовничий. Студенты Абхазского университета, оказавшиеся вне своей страны, его решением были приняты в МГУ, а многим преподавателям предоставлены рабочие места. 

Позиция Виктора Антоновича Садовничего, направленная на сохранение единого образовательного пространства стран бывшего СССР, его принципиальность и последовательность в отстаивании интересов вузов, образования и науки в целом, сыграли важную роль в восстановлении АГУ. Через полтора месяца после окончания Отечественной войны народа Абхазии, 17 ноября 1993 года, на съезде Евразийской Ассоциации университетов, АГУ был включен в ее состав. 

Первым российским вузом, заключившим договор об образовательном, научном и творческом сотрудничестве с АГУ стал МГУ им. М. В. Ломоносова, что способствовало его дальнейшему динамичному развитию. 

В соответствии с Указом Второго Президента Республики Абхазия Сергея Багапш от 30 августа 2006 года (№ УП 107) «О придании автономного статуса Абхазскому государственному университету», Абхазский государственный университет наделен статусом самоуправляемой (автономной) организации высшего профессионального образования, осуществляющей свою деятельность на основе законодательства Республики Абхазия и Устава вуза. Функции учредителя выполняет Президент Республики Абхазия. 

Абхазский государственный университет сотрудничает со многими ведущими университетами мира, в первую очередь, с российскими. Является участником Евразийской ассоциации университетов, Ассоциации классических университетов России, Оксфордского академического союза и других международных организаций и объединений.

Университет создает большие возможности для самореализации студентов и готовит специалистов по множеству направлений. 

На сегодняшний день в Абхазском государственном университете:

✅  9 факультетов и 43 кафедры, где реализуется уровневая система подготовки кадров по различным направлениям бакалавриата, специалитета, магистратуры и аспиратуры;

✅ 2473 студента, включая иностранных;

✅ Профессорско-преподавательский состав – 453 чел.;

✅ несколько диссертационных советов; приоритетными направлениями научных исследований являются математика, биология, экология, цикл дисциплин абхазоведения, археология, педагогика;

✅  Научная библиотека им. Д.И. Гулия;

✅  Республиканский центр повышения квалификации и переподготовки специалистов;

✅  Учебно-научный центр нартоведения и полевой фольклористики;

✅  Психолого-педагогический центр;

✅  Информационно-вычислительный центр;

✅  Центр лингвистики и информационных технологий;

✅ Центр абхазо-адыгской филологии им. В. П. Анкваб;

✅  Международный отдел;

✅  Отдел информации и медиакоммуникаций.

✅ 25 января 2024 г. при АГУ открыт Центр науки и образования Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова.

Выпускниками АГУ являются известные политики страны, государственные, общественные деятели, представители бизнес структур и ведомственных органов, квалифицированные специалисты различных сфер деятельности.

Преподаватели и студенты АГУ активно участвуют в работе различных международных научных, творческих форумов. Подобные мероприятия регулярно проводятся и на базе Абхазского государственного университета. Студентам и сотрудникам АГУ предоставлена возможность повышать квалификацию, продолжать учебу в аспирантуре и докторантуре, защищать диссертации.

Ректором Абхазского государственного университета с 1988 года является блестящий организатор науки и образования в Республике Абхазия Алеко Алексеевич Гварамия – ученый с мировым именем, профессор, академик Академии наук Абхазии, Адыгской международной академии наук, Европейской и Российской академий естественных наук, Почетный профессор Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова и Оксфордского академического Союза, Почетный доктор Адыгейского, Арцахского, Башкирского, Приднестровского университетов, заслуженный деятель науки Республики Абхазия и Республики Южная Осетия, член Клуба ректоров Европы, член Совета Оксфордского Академического Союза.