Абхазский государственный университет был создан на базе Сухумского госпединститута, открытого в 1932 году. Вся история университета неотделима от жизни страны, проводившихся в ней преобразований. Раскол университета по национальному признаку (1989) развал Советскогo Союза (1991), Отечественная война народа Абхазии (1992-1993), послевоенная блокада и сопровождавшая ее ограниченность материальных и интеллектуальных ресурсов стали для коллектива тяжелым испытанием. В это сложное время огромную поддержку АГУ оказал Московский Государственный университет им. М.В. Ломоносова и лично ректор В.А. Садовничий. Студенты Абхазского университета, оказавшиеся вне своей страны, его решением были приняты в МГУ, а многим преподавателям предоставлены рабочие места. Позиция Виктора Антоновича, направленная на сохранение единого образовательного пространства стран бывшего СССР, его принципиальность и последовательность в отстаивании интересов вузов, образования и науки в целом, сыграли важную роль в восстановлении АГУ. Через полтора месяца после окончания войны, 17 ноября 1993 года, на съезде Евразийской Ассоциации университетов, АГУ был включен в ее состав. МГУ стал первым российским вузом, заключившим договор об образовательном, научном и творческом сотрудничестве с АГУ, что способствовало его дальнейшему динамичному развитию. Ректора АГУ регулярно приглашают на съезды Российского союза ректоров, Ассоциации классических университетов России, заседания учебно-методического объединения университетов России. Преподаватели и студенты АГУ активно участвуют в работе многих международных научных, творческих форумов. Подобные мероприятия регулярно проводятся и на базе Абхазского государственного университета. Студентам и сотрудникам АГУ предоставлена возможность повышать квалификацию, продолжать учебу в аспирантуре и докторантуре, защищать диссертации.

С 2006 года АГУ имеет статус автономного национального университета, функции учредителя которого выполняет Президент Республики Абхазия. Это открыло университету новые возможности для развития образовательных и научных направлений деятельности.

Сегодня Республика Абхазия признана Россией и рядом других государств, становится субъектом международного права. Благодаря российской помощи, университет активно восстанавливает материально-техническую базу.

Изучение опыта вузов ряда стран (России, США, Великобритании, Германии, Италии, Бельгии, Казахстана и др.) позволило выработать стратегию развития АГУ как национального вуза страны. Деятельность университета построена на принципах универсального и развивающего обучения, сохранения фундаментальности в образовании при активном внедрении инновационных технологий. Она направлена на интеграцию АГУ в мировое образовательное пространство, на обеспечение его полноценного участия в международных программах, установление прямых контактов и взаимодействие с научно-исследовательскими и учебными заведениями зарубежных стран. Международные связи университета осуществляются как через крупные образовательные сообщества (Евразийскую Ассоциацию университетов, Ассоциацию классических университетов России, Ассоциацию университетов новейших независимых государств, Оксфордский Академический Союз), так и на основе прямых договоров с вузами России, и деловых контактов с вузами Белоруссии, Северного Кипра, Италии, Германии, Бельгии, Венесуэлы.

В учебно-научном процессе АГУ задействованы академики, доктора и кандидаты наук, профессора, доценты, лауреаты различных творческих и научных конкурсов, ученые, удостоенные высоких государственных наград.

На сегодняшний день в Абхазском госуниверситете:

- 8 факультетов, Отделение искусств и 42 кафедры, где реализуется уровневая система подготовки кадров по различным направлениям бакалавриата, специалитета, магистратуры и аспиратуры;

- более 3000 студентов, включая иностранных;

- несколько диссертационных советов; приоритетными направлениями научных исследований являются математика, биология, экология, цикл дисциплин абхазоведения, археология, педагогика;

- Научная библиотека им. Д.И. Гулия;

- Республиканский центр повышения квалификации и переподготовки специалистов;

- Учебно-научный центр нартоведения и полевой фольклористики;

- Информационно-вычислительный центр и Пресс-центр;

- Международный отдел;

- газета «Апсуа университет».